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Virus DNA/RNA cDNA Synthesis Kit

簡要描述:

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更新時間:2024-01-12

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Virus DNA/RNA cDNA Synthesis Kit

商品屬性:

產品名稱

規(guī)格

貨號

Virus DNA/RNA cDNA Synthesis Kit

100T

A-PJ1075

描述:本試劑盒采用穩(wěn)定高效的反轉錄預混體系 5×Golden RT MasterMix 進行 RNA 的反轉錄反應,使用時只需加入模 板、引物和 RNase Free H2O 即可,大大簡化了操作過程、 提高了效率、減少了操作過程中的人為誤差。具有快速簡便、 重復性高、特異性好、靈敏度高和穩(wěn)定性好的特點。專用于 病毒 DNA/RNA 樣品的反轉錄反應。 該預混體系包含點突變致 RNase H 活性缺失的 Golden MLV Reverse Transcriptase 反轉錄酶、dNTP、反應 Buffer 和 RNase Inhibitor。該試劑盒采用的反轉錄酶去除了 RNase H 活性,從而避免反轉錄過程中降解 RNA。同時經過突變文 庫篩選,使得其熱穩(wěn)定性更強,可耐受 55℃高溫反應。相比 于低溫條件下反轉錄反應,采用高溫反轉錄可顯著打開 RNA 二級結構,從而提高復雜 RNA 模板的擴增性能、提高反轉 錄 cDNA 的長度和產量,從而提高后續(xù)檢測的靈敏度。合成 的第一鏈 cDNA 可廣泛用于 2nd Strand 的合成、雜交、PCR 擴增、Real-Time PCR 反應等。

組分

儲存:請置于-20°C,可保存 3 年;避免反復凍融。
注:如 5×Golden RT MasterMix 出現(xiàn)沉淀屬正?,F(xiàn)象,可用手捂化,混合均勻后使用不影響實驗結果。一步法 cDOn
1. 按以下組分配制反轉錄反應液
病毒 DNA/RNA 樣品 2~10μl
5×Golden RT MasterMix 4μl
*20×Random Primer 1μl
Rnase Free H2O Up to 20μl
*注:反轉錄引物可根據(jù)需要改用特異性引物。
2.根據(jù)實際情況反轉錄可選擇快速程序或標準程序
快速程序
 37°C 15~30min(cDNA 合成)
 85°C 5min(失活 MLV)
標準程序
 25°C 10min(引物配對)
 55°C 30~60min(cDNA 合成)
 85°C 5min(失活 MLV)
注:通常在定量 PCR 實驗中使用快速程序進行反轉錄(反轉錄效率>80%),在進行高 GC 含量、含復雜二級結構、長片段的模板轉錄時采用標準程序(反轉錄效率>100%)。

QQ截圖20240110094643.jpg


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PCR基本步驟及注意事項?

一、實驗原理

PCR是體外人工選擇性擴增DNA的一種方法,它類似于生物體內DNA的復制。在生物體內DNA復制需要模板、引物、DNA聚合酶、DNA解旋酶、 dNTPs;而體外PCR反應同樣需要類似的成分,有模板、引物、PCR Buffer、Taq酶、dNTPs。其中引物是人工設計的特定序列,實現(xiàn)對特定位置的擴增;PCR Buffer提供一個反應的緩沖環(huán)境;反應過程同生物體內一樣,DNA雙鏈打開,引物結合模板,延伸形成新鏈。而這些過程在生物體內靠DNA解旋酶解鏈,而在體外在通過控制反應溫度實現(xiàn)的。如常用94℃變性模板DNA打開雙鏈,在退火溫度處引物結合到模板上,最后在72℃完成延伸,并反復重復此過程即可實現(xiàn)對特定片段DNA的大量擴增。到第三循環(huán)開始才產生出和靶DNA區(qū)段相同的DNA分子,進一步循環(huán)地產生出靶DNA區(qū)段的指數(shù)加倍。

在擴增后期,由于產物積累,使原來呈指數(shù)擴增的反應變成平坦的曲線,產物不再隨循環(huán)數(shù)而明顯上升,這稱為平臺效應。平臺期(Plateau)會使原先由于錯配而產生的低濃度非特異性產物繼續(xù)大量擴增,達到較高水平。因此,應適當調節(jié)循環(huán)次數(shù),在平臺期前結束反應, 減少非特異性產物。到達平臺期(Plateau)所需循環(huán)次數(shù)取決于樣品中模板的拷貝。

二、主要的成分

1.模板可以是多種形式,主要包括基因組DNA、質粒DNA、攜帶病毒的基因組DNA、PCR產物,cDNA等,但不能為RNA。對于不同類型的模板,其主要不同在于預變性的時間以及模板的量。一般對于大的基因組DNA預變性時間10min足夠,質粒DNA2min、攜帶病毒的基因組DNA預變性2min、PCR產物預變性2min即可。

注意cDNA為單鏈DNA,但仍可做PCR的模板,只不過在第一輪循環(huán)時只有一個引物結合,合成另一條鏈。從第二輪開始,兩個引物均與特異位點結合,從而實現(xiàn)了與常規(guī)PCR的接軌。而同作為單鏈的RNA卻不能進行PCR擴增,原因就在于實現(xiàn)PCR反應的是DNA聚合酶,只能特意識別DNA鏈。

2.對于模版的量來說,一般25ul體系DNA的質量為50—100ng。對于基因組DNA由于其結構比較復雜,提取的濃度也往往比較大,為防止?jié)舛冗^大對PCR造成影響,故需對提取的DNA進行梯度稀釋。否則濃度過高則可能會引起非特異性擴增。對于質粒及PCR產物由于其結構簡單,且提取濃度一般較低,則無需稀釋。

PCR實驗中應該注意的問題有哪些?

沒有ct值

檢測結果遇到沒有Ct值情況,排查是否有以下問題:

1、循環(huán)數(shù)不夠(一般不超過45循環(huán),不僅背景值提高,定量也不準);

2、PCR程序設置錯誤,檢測熒光信號的步驟有誤。一般SG法采用72℃延伸時采集,TaqMan法則一般在退火結束時或延伸時采集信號,另外熒光采集是否選中;

3、引物或探針降解??赏ㄟ^PAGE電泳檢測引物和探針是否降解;

4、模板量可能降解或上樣量不足(不超過500ng,根據(jù)試劑盒說明書即可), 對未知濃度的樣本應從系列稀釋樣本的最高濃度做起;如果發(fā)生模板降解,應考慮樣本準備中雜質的引入及反復凍融的情況,建議將模板樣本小量分裝儲備,避免反復凍融;

5、引物探針是否合適(尤其是引物跨越內含子,以確保擴增基因組DNA;上下游引物Tm值超過4℃以上也會影響擴增)。

ct值過晚

在相對定量中, Ct值一般控制在15—25之間比較好,如果在絕對定量中, 對低拷貝數(shù)的樣品,Ct值會增大, 但是一般不宜超過40循環(huán), 否則定量不準確。

因此,判斷Ct值出現(xiàn)過晚是否屬于非正常情況, 需要根據(jù)具體實驗設計和目的進行。

1、擴增效率低。引物之間或者引物和探針的比例不合適, 需要進行優(yōu)化;引物或探針設計不合理, 需要重新設計;

2、PCR程序不合適, 改用三步法進行反應, 或者優(yōu)化退火/延伸溫度, 可以適當降低退火溫度; 退火/延伸時間短(可以在推薦的時間條件下延長10s);

3、MgCl2濃度不合適,增加鎂離子濃度等。PCR各種反應成分的降解或加樣量的不足;

4、PCR產物太長。PCR產物設計超過500bp;

5、模板中存在抑制物。用高純度模板進行PCR檢測或將模板進行稀釋。

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